$ mkdir ~/.icons/flags/
копируем туда флажки с именем ru.png и us.png
Хорошие флажки очень просто можно самому сделать. Даешь запрос в google "svg flags", берёшь оттуда нужные флажки и вперёд ;)
Запускаем Редактор конфигурации
$ gconf-editor
ищем ключ
/desktop/gnome/peripherals/keyboard/indicator/showFlags
ставим галку (true)